Действие разворачивается на пустынной планете Кхарак за 106 лет до событий Homeworld. Орбитальный спутник обнаруживает загадочный объект, который получает название «Объект Джараси» или «Главная Аномалия». Северная Коалиция — союз киитов (кланов) народа кушан — решает снарядить экспедицию к месту загадочного объекта.
Кампания сосредоточена вокруг второй экспедиции и её главного научного сотрудника Рэйчел С′Джет. Игроку предстоит найти причину возникших аномалий, борясь за последнюю надежду своей цивилизации. Но бескрайняя пустыня таит в себе много загадок, а её жители, высокоразвитые племена фанатиков, готовы убивать каждого иноземца.