Skull and Bones — игра в жанре action-adventure от третьего лица, действие которой разворачивается в открытом мире. В начале игры игрок может создать героя — пиратского капитана, внешность которого может настроить по своему усмотрению, и имеет возможность в одиночку отправиться в плавание через Индийский океан в рамках однопользовательской кампании, или же присоединиться к группе до 5 других игроков для игры в PvP-режиме в спорных водах. На протяжении большей части Skull and Bones игрок управляет кораблём как единым целым, но в некоторых локациях может, управляя уже напрямую капитаном, сойти на берег и исследовать острова и порты. Сухопутные сегменты предназначены только для получения заданий и торговли, экшн-элементы в них не предусмотрены — бои проходят только на море. Некоторые острова и порты представляют собой «базы» игрока, где ему доступны разнообразные механики создания предметов и улучшения корабля. Для получения преимущества в бою может быть использовано направление ветра.